Mặc dù là một người cải đạo Tin Lành, nhưng Lennox không nhận được sự ủng hộ từ người Scotland là Calvinists, người nghi về mối quan hệ xác thịt của nhà vua với Lennox. Tháng 8 năm 1582, Raid Ruthven, một bá tước có tư tưởng phản kháng đã lừa James vào lâu đài Ruthven và giam lỏng ông trong một năm[20], sau đó buộc Lennox phải rời khỏi Scotland. Mãi đến tháng 6 năm 1583, James mới được tự do, và từ đó ông có thể đích thân chấp chính. Ông thực hiện "Hành động đen" để củng cố vương quyền tuyệt đối của mình, qua các nhà thờ và lên án các tác phẩm của người thầy cũ của ông, Buchannan[21]. Trong khoảng thời gian 1584 - 1603, dưới sự cai trị của James, nền chính trị tương đối ổn định và không có sự tranh chấp đáng kể nào trong tầng lớp quý tộc; sự thành công này có sự đóng góp lớn của John Maitland của Thirlestane, người lãnh đạo Nghị viện cho đến năm 1592[22]. Một nhóm tám quan đại thần, thường được gọi là Octavians, đã đem lại một số quyền kiểm soát tình trạng đổ nát tài chính của James trong năm 1596, nhưng nó đã thu hút sự phản đối từ nhóm quý tộc cũ. Nhóm này bị giải tán một năm sau vụ bạo động ở Edinburgh được tổ chức bởi những người công giáo, khiến cho triều đình Scots phải rời khỏi Linlithgow trong một thời gian[23]. Sự kiện chống đối cuối cùng nhằm vào nhà vua ở Scotland diễn ra vào tháng 8 năm 1600, khi James bị mưu sát bởi Alexander Ruthven, em trai của John Ruthven, Bá tước thứ ba Gowrie, tại Gowrie House, là nơi ở của Ruthvens[24]. Sau một cuộc ẩu đả, Ruthven chạy thoát nhờ sự trợ giúp của một cận vệ nhà vua, trong khi bá tước bị thiệt mạng; và chỉ có một vài người sống sót để làm nhân chứng. Một số tài liệu lịch sử cho rằng, James đã nợ nhà Ruthven một khoản nợ lớn, nhưng quyển lịch sử về thời đại của James phủ nhận việc này[25].

Năm 1586, nhà vua ký với nước Anh hiệp ước Berwich. Vào năm 1587, mẫu thân của ông, Nữ hoàng Mary đã bị hành quyết tại nước Anh, điều mà James xem như là "một thủ tục phi lý và kì lạ giúp dọn đường cho sự kế nhiệm của ông tại đất nước phía nam biên giới"[26]. Nữ hoàng Elizabeth không lập gia đình và sinh con, vì thế James là người đứng đầu trong danh sách kế vị tại Anh. Một trong những chính sách của ông là lập quan hệ ngoại giao tốt với nước Anh để đảm bảo cho sự kế vị của mình về sau[27]. Trong cuộc tấn công của hạm đội Tây Ban Nha vào nước Anh năm 1588, ông trả lời với nữ hoàng Anh rằng ông là:"con trai tự nhiên của bà và đồng minh thân cận của nước bà"[28].

Hôn nhân

Trong thời trẻ, James đã được ca ngợi về đức tính thanh tịnh, vì ông đã ít quan tâm đến phụ nữ. Sau khi mất Lennox, ông vẫn tiếp tục gần gũi với nhiều người đàn ông khác[29]. Tuy nhiên chỉ có hôn nhân mới có thể để củng cố chế độ quân chủ và cai trị của dòng họ Stuart. Cuối cùng, ông quyết định kết hôn với công chúa 14 tuổi, Anne của Đan Mạch, con gái Tuyển hầu tước Frederick II. Một thời gian ngắn sau khi một lễ đính hôn diễn ra tại Copenhagen vào tháng 8 năm 1589, Anne lên đường đi Scotland nhưng gặp bão to khi đến bờ biển của Na Uy. Khi được tin, James, trong những gì Willson gọi là "một tập phim lãng mạn của cuộc đời ông"[30], khởi hành từ Leith với một đoàn tùy tùng ba trăm người để giải cứu cho Anne[31]. Hai người chính kết hôn chính thức tại Cung điện Bishop ở Oslo vào ngày 23 tháng 11. Và sau thời gian lưu trú tại Elsinore và Copenhagen, nhà vua và hoàng hậu trở về Scotland vào ngày 1 tháng năm 1590. Theo tất cả các nguồn thông tin, ban đầu tình yêu của James dành cho vợ rất nồng thắm, trong những năm đầu sau hôn nhân, Anne luôn tỏ ra kiên nhẫn và rất tình cảm[32]. Họ có với nhau ba người con sống tới tuổi trưởng thành: Henry Frederick, Hoàng tử xứ Wales, chết vì sốt thương hàn vào năm 1612, ở tuổi 18; Elizabeth, sau là hoàng hậu Bohemia; và Charles, người về sau thừa kế ngai vàng. Anne qua đời vào năm 1619, trước James 7 năm.

Săn lùng phù thủy

Trong một chuyến viếng thăm của James tới Đan Mạch, một quốc gia có tục lệ săn phù thủy, ông cũng đã bị thu hút bởi tục lệ này và xem nó như một phần của thần học[33]. Trở về Scotland, ông tham dự vào cuộc xét xử phù thủy ở Bắc Berwich, sự kiện khủng bố lớn đầu tiên nhằm vào những người bị coi là phù thủy kể từ khi Đạo luật Phù thủy được thông qua năm 1563. Nhiều người, trong đó nổi bật là Agnes Sampson, đã bị buộc tội dùng ma thuật tạo bão tấn công vào tàu của nhà vua. Vua James trở nên ám ảnh với các mối đe dọa của phù thủy sau sự kiện này. Năm 1597, ông cho ra đời quyển Daemonologie nhằm phản đối việc học phép phù thủy. Thậm chí ông còn nhiều lần đích thân giám sát việc tra tấn những người phụ nữ bị xem là phù thủy[34]. Từ sau năm 1599, mối hoài nghi của ông về phù thủy càng trở nên lớn hơn[35]. Trong một bức thư sau này được viết ở Anh cho Hoàng tử Henry, James chúc mừng con mình về "sự phát hiện những người con gái giả của Henry và cầu nguyện Đức Chúa Trời để cho hoàng tử của trẫm có thể tiếp tục có những khám phá như thế... hầu hết các phép lạ bây giờ một ngày chứng minh nhưng ảo tưởng, và các ngươi có thể nhìn thấy bằng cách này cách cảnh giác nên tin tưởng vào những lời buộc tội "[36].

Tình hình cao nguyên và hải đảo

Học thuyết về nền quân chủ

Khoảng năm 1597 - 1598, James cho ra đời tác phẩm The True Law of Free Monarchies và Basilikon Doron (hay quà tặng hoàng gia), trong đó ông lập luận cơ sở thần học cho chế độ quân chủ. Trong The True Law of Free Monarchies, ông đặt ra những quyền lợi thiêng liêng chỉ dành cho những vị vua, giải thích rằng vì lý do Kinh Thánh vua là những sinh vật tối cao hơn với những người bình thường khác, và hiển nhiên có đặc quyền được ngồi ở vị trí cao nhất"[37]. Tác phẩm này nêu lên một ý tưởng về nền quân chủ tuyệt đối, mà một vị vua có thể áp đặt luật pháp lên thần dân nhờ vào đặc quyền hoàng gia nhưng cũng phải tôn trọng truyền thống và Thiên Chúa, người sẽ "giáng tai họa như xuống để trừng phạt của các vị vua độc ác"[38]. Basilikon Doron, viết một cuốn sách hướng dẫn cho hoàng tử Henry bốn tuổi, cung cấp các kiến thức về vương quyền[39]. Tác phẩm được viết bằng văn bản và là tác phẩm tiêu biểu trong cuộc đời của nhà vua[40]. Bàn về quốc hội, mà ông hiểu là chỉ đơn thuần là "cung điện phía trước" của nhà vua, báo trước những khó khăn của mình với dân Anh:. "Không cần có Quốc hội,". Trong tác phẩm nhà vua cho rằng quyền sở hữu vương quốc của ông là một lãnh chúa phong kiến sở hữu lãnh địa của mình, bởi vì vua đã có"trước khi quốc hội thành lập hoặc hàng ngũ của những người đàn ông, trước khi bất kỳ quốc hội là Holden, hoặc pháp luật được thực hiện, và bởi chúng được đất phân tán, mà lúc đầu tiên đã hoàn toàn của họ. Và do đó, nó cần thiết sau đó vua là các tác giả và các nhà hoạch định của pháp luật, và không phải là luật pháp của các vị vua[41].

Bảo trợ nghệ thuật

Trong những năm 1580 - 1590, James ban hành nhiều chính sách để phát triển văn học trên đất nước của ông. Luận thuyết của ông, Some Rules and Cautions to be Observed and Eschewed in Scottish Prosody, xuất bản năm 1584 khi ông 18 tuổi, được đánh giá vừa thơ mộng và vừa mô tả truyền thống thơ bằng tiếng mẹ đẻ của mình, Scotland, áp dụng nguyên tắc Renaissance[42]. Ông cũng đã ban hành luật định để cải cách và thúc đẩy việc giảng dạy âm nhạc[43]. Ông vừa là người bảo trợ và người đứng đầu của vòng tròn lỏng lẻo của Scotland, thơ văn và âm nhạc Jacobean. Các nhạc sĩ, trong đó bao gồm William Fowler và Alexander Montgomerie, sau này là được đồn là những người tình đồng giới của nhà vua[44]. James, cũng là một nhà thơ, đã vui mừng khi được nhìn nhận như là một thành viên trong nhóm[45]. Vào cuối thập kỷ 1590, cuộc đấu tranh của ông nhằm giữ gìn truyền thống Scotland là một số mức độ khuếch tán của các khách hàng tiềm năng ngày càng dự kiến thừa kế ngai vàng Anh, [60] và một số nhà thơ cận thần đã theo vua đến London sau năm 1603, như William Alexander, đã bắt đầu anglicise viết của mình ngôn ngữ. [61] vai trò đặc trưng của James là người tham gia văn học đang hoạt động và bảo trợ tại tòa án Scotland khiến anh trong nhiều khía cạnh một con số xác định cho thi ca Anh Renaissance và phim truyền hình, trong đó có thể đạt tới đỉnh cao về thành tích trong triều đại của ông, [62] nhưng bảo trợ của ông cho phong độ cao trong truyền thống của riêng mình Scotland, một truyền thống bao gồm tổ tiên ông James I của Scotland, phần lớn trở nên ngồi ngoài. [63]